Budowlę wymurowano w XVII w., zachowano jednak wiele pierwotnych fragmentów gotyckich. Przez pewien czas kościół był zborem kalwińskim. W latach 1647 – 1650 klasztorem kierował ks. Augustyn Kordecki, znana postać w dziejach polskich. Gotycko-renesansowy kościół św. Jana Apostoła i Ewangelisty był świadkiem recytacji "Hymnu" Jana Kochanowskiego i reakcji przysłuchującego się Mikołaja Reja, oglądał pogrzeb wybitnego reformatora religijnego Jana Łaskiego i składania do krypty trumny Zofii Oleśnickiej, przyszywanej wnuczki króla Zygmunta Starego, widział przyjmowanych tu uroczyście prezydentów Rzeczpospolitej, modlącą się Karolinę Lanckorońską, jak również śpiewającą kolędy Violettę Villas. Z wysokości dekoracyjnej ambony - tej samej od blisko trzech stuleci, miewał kazania ks. Hugo Kołłątaj, tutejszy proboszcz. W monumentalnej dzwonnicy barokowej przed kościołem, która służyła również jako brama cmentarna, zawieszone są stare dzwony. Jeden z nich - gotycki, ufundował kardynał Zbigniew Oleśnicki. Obecnie w budynku dawnego klasztoru swoją siedzibę mają Muzeum Regionalne i Pińczowskie Samorządowe Centrum Kultury.